一、內設黨政管理機構

（一）辦公室（黨委巡察辦）

（二）紀檢監察處

（三）組織部

（四）宣傳部

（五）統戰部

（六）學生處（學生工作部、武裝部）

（七）教務處

（八）財務處

（九）人事處

（十）審計處

（十一）保衛處

（十二）招生就業處

（十三）科研產業處

二、教學科研類機構

（一）農學與園藝技術學院

（二）畜牧獸醫學院（寵物科技學院）

（三）食品藥品與大健康學院

（四）智慧農業工程學院

（五）經濟管理學院

（六）互聯網技術學院

（七）云安農文旅產業學院

（八）馬克思主義學院

（九）通識教育學院

（十）創新創業學院

（十一）繼續教育與培訓學院

（十二）種畜技術研發中心

三、服務保障類機構

（一）后勤管理服務中心

（二）采購中心

（三）基建管理中心

（四）對外合作交流中心

（五）教學質量監控管理中心

（六）發展規劃管理中心（職業教育研究中心）

（七）實踐教學中心（校企合作中心）

（八）離退休人員管理服務中心

（九）數據與信息管理中心

（十）圖書館

（十一）《云南農業》編輯部

（十二）黨委教師工作部（與人事處合署辦公）

（十三）心理健康教育與咨詢中心

四、其他機構

（一）中共云南農業職業技術學院職能部門總支部委員會

（二）云南農業職業技術學院工會委員會

（三）中國共產主義青年團云南農業職業技術學院委員會

（四）資產經營有限公司